Ο Γιάννης Τσιμιτσέλης έγινε ζευγάρι το 2009 με την ηθοποιό Βάσω Λασκαράκη, με την οποία γνωρίστηκε στα γυρίσματα της σειράς «Η Πολυκατοικία» όπου συμπρωταγωνιστούσαν. Παντρεύτηκαν με πολιτικό γάμο τον Οκτώβριο του 2013 και λίγο αργότερα, στις 10 Νοεμβρίου 2013, γεννήθηκε η κόρη τους, Ευαγγελία. Το 2017 ανακοίνωσαν το διαζύγιο τους.
Σε συνέντευξη που παραχώρησε στην εκπομπή «Μαμά-δες» που θα προβληθεί την Κυριακή 22 Ιουνίου, ο Γιάννης Τσιμιτσέλης, μίλησε για το κεφάλαιο της πατρότητας και τις αλλαγές που έφερε στη ζωή του, η κόρη του.
Στο απόσπασμα που εξασφάλισε το Happy Day, ο Γιάννης Τσιμιτσέλης μιλάει για την πατρότητα και παραδέχεται ότι δεν ένιωσε από την αρχή τη σύνδεση με την κόρη του.
«Όταν έμεινε έγκυος η Βάσω, δεν ένιωσα το δέσιμο της πατρότητας. Αυτό έγινε κανένα χρόνο μετά. Έβλεπα ένα πολύ γλυκό βρέφος. Το αγαπούσα. Το αγκάλιαζα αλλά όταν άρχισε να επικοινωνεί ήρθε αυτό το δέσιμο. Είναι ό,τι καλύτερο μπορούσε να κάνει κάποιος» εξομολογείται ο Γιάννης Τσιμιτσέλης.
Από το 2017 ο Γιάννης Τσιμιτσέλης είναι σε σχέση με την ηθοποιό Κατερίνα Γερονικολού και κατά διαστήματα ανεβάζουν φωτογραφίες από διακοπές και κοινές δημόσιες εξόδους.
